Kemudian Edward menggunakan segel darah untuk mengikat jiwa adiknya ke baju besi yang kemudian hidup.
Kemudian datang undangan dari Kolonel Roy untuk bergabung ke dalam militer sehingga Edward dapat melanjutkan penelitian untuk mengembalikan tubuh Alphonse. Setelah menjadi Alchemist negara, Edward dan Winry (teman masa kecilnya) mulai mencari bahan penelitian dan menemukan jejak batu legendaris yang mampu memperbaiki tubuh mereka. Hal itu membawa mereka ke dr.Marcoh.
Namun, sebelum menemui dr.Marcoh, Al dan Ed pergi ke tempatnya Shou Tacker, seorang alkimia biologi yang mengembangkan chimera. Katanya ia bisa membuat chimera yang dapat berbicara, sehingga Ed ingin memastikan apakah Shou punya jawaban untuk mengembalikan tubuh Al.
Setelah Al ditinggalkan di rumah Shou, Ed dan Winry pergi mencari dr.Marcoh. Sayangnya setelah sampai dan baru bertemu sebentar, Lust (salah satu dari Homunculus) datang dan membunuh dr.Marcoh.
Ed dan Winry hanya diberikan petunjuk “Laboratorium nomor 5” yang ternyata adalah sebuah kamp.tawanan perang.
Kembali ke rumah Shou, Ed ditunjukkan sebuah chimera baru ciptaan Shou. Chimera itu bisa berbicara lebih banyak dan terlihat lebih sempurna. Namun, ternyata itu adalah Nina dan Alexander, anak dan anjing dari Shou sendiri.
Kemudian Ed melapor kepada militer negara sehingga Shou ditangkap.